Мускусные утки более склонны к насиживанию по сравнению с пекинскими. В течение двух недель накапливают яйца. Собирают их систематически через каждые три часа в дневное время. Хранят яйца в прохладном проветриваемом месте в корзине или неглубокой коробке. Укладывают яйца для хранения горизонтально слоем не более двух рядов. При хранении в гофрированных прокладках яйца укладывают вертикально тупым концом вверх. Температура в помещении, где передерживаются утиные яйца, должна быть в пределах 8-15 °С.
Провоцируют несушек к насиживанию подкладными, обманными яйцами. После того как несушка свыклась с ролью наседки и постоянно находится в гнезде, не покидая его, вечером под нее подкладывают осторожно 17-19 яиц. Нечетное количество связано с более рациональным размещением яиц под несушкой. Для насиживания желательно использовать то же гнездо, в котором несушка откладывала яйца. Перемещать гнездо также нежелательно — наседка может его покинуть.
Инкубационный период мускусных яиц несколько удлинен по сравнению с пекинскими — 33-35 суток. Первые дни наседки усердствуют в насиживании, чего требует биология развития зародыша. Некоторые наседки даже не покидают гнездо для приема корма и воды. Поэтому кормушку и поилку выставляют рядом с гнездом. Кормить жидкими, водянистыми кормами в период насиживания не следует, чтобы не вызвать расстройства пищеварения и последующего загрязнения яиц и гнезда. Недалеко от места насиживания нужно установить невысокую емкость с водой (старое корыто). Пополоскавшись в воде, мокрая наседка усаживается в гнездо, орошает и охлаждает яйца. Особенно это важно для второй половины насиживания.
У пекинских уток инстинкт насиживания развит слабо, и они насиживают редко. Многие птицеводы для насиживания утиных яиц используют наседок других видов. Так, в теплый период года под куриную наседку можно положить 9-11 утиных яиц, под гусиную — 11-15, под индюшиную — 17-19 яиц.
В холодный период подкладывают яиц меньше, чтобы они все обогревались несушкой. Под куриную наседку подкладывают 7-9, под индюшиную — 15-17 яиц.
Если среди пекинских уток появится утиная наседка, под нее подкладывают яиц меньше, чем под мускусных, что связано с величиной яиц. Под пекинских уток подкладывают в теплое летнее время от 15 до 17 яиц, в холодную погоду — от 13 до 15 яиц. Многие птицеводы для вывода молодняка обходятся без наседок, используя для получения утят бытовые инкубаторы.