Ростковая муха в мае откладывает яйца под комочки почвы. Делает это с большей охотой на более влажной почве с плохо заделанным навозом. Личинки проникают в почву и повреждают прорастающие семена и всходы, пробуравливают подсемядольное колено и могут проникнуть внутрь стебелька. Поврежденные семена гибнут, а ростки увядают или дают слабые всходы. За лето развивается 2-3 поколения вредителя. Зимуют куколки в почве на посевах овощных культур и клевера. Наиболее вредоносно первое поколение.